El juego en sí está dividido en tres episodios, uno para que el jugador controle cada carrera. En el primer segmento del juego, el jugador y Jim Raynor intentan controlar la colonia de Mar Sara a raíz de los ataques Zerg en otros mundos Terran. La segunda campaña revela que Kerrigan no fue asesinada por los Zerg, sino que es capturada e infestada en un esfuerzo por incorporar su fuerza psiónica