El capitán Olimar ha regresado para reunir los nuevos colores de Pikmin en una aventura salvaje y abierta, y esta vez, ha traído a un asistente. La empresa para la que trabaja está en quiebra y, para salvarla, Olimar ha venido a rescatar el tesoro enterrado bajo la superficie del planeta. La deuda de su compañía es la friolera de 10.000 Pokos.