Llevando a los jugadores a través del arco de la historia de Naruto Shippuden, los atrevidos guerreros ninja deben reclutar estratégicamente a los personajes de apoyo adecuados para asegurar la victoria contra todos y cada uno de los oponentes. Con la combinación ganadora, los jugadores pueden desencadenar fácilmente técnicas especiales de equipo más grandes y explosivas para eliminar a los enemigos que se interpongan en el camino.