La historia de E.V.O.: Search for Eden sigue los mismos patrones que las teorías modernas de la Evolución. Los jugadores primero controlan un organismo marino prehistórico y luchan para ganar puntos de evolución con los que puede mejorar las partes del cuerpo de sus peces y mejorar sus habilidades de ataque/defensa. La jugabilidad no es completamente lineal, lo que significa que ciertas elecciones de caminos y etapas afectarán el éxito del jugador