Ambientada en 1983 durante la Guerra Fría, Phantom Doctrine es un thriller de historia alternativa en el que los jugadores lideran The Cabal, una organización secreta dedicada a luchar contra una conspiración global comprometida a controlar el mundo enfrentando a líderes y naciones mundiales entre sí. El engaño es el gran ecualizador, ya que los jugadores tendrán que operar desde las sombras para explotar cada vulnerabilidad: interrogar y lavar el cerebro sin piedad a enemigos y aliados para crear agentes dobles, saboteadores o colaboradores involuntarios.