The Twin Snakes presenta mejoras gráficas sobre el original, nuevas escenas escritas y dirigidas por Ryuhei Kitamura, y funciones de juego originalmente introducidas en Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty. El juego también incluye una traducción revisada con actuación de voz regrabada utilizando todo el elenco de voces original en inglés. Hideo Kojima y Shigeru Miyamoto supervisaron el desarrollo del juego.