Evil Genius se centra en la construcción de una guarida en la isla y la gestión de los secuaces que son empleados por el Evil Genius, lo que permite al jugador progresar a través de la historia principal con el logro de la dominación mundial como objetivo final del juego. Aunque no se indica explícitamente el uso de regiones históricas, el Bloque del Este y eventos como la Crisis de los Misiles Cubanos dentro del juego sugieren que está ambientado en