La historia de Phonopolis aborda temas relacionados con el mundo real, centrándose en la manipulación y el individualismo, pero manteniendo la experiencia general divertida y alegre. Los jugadores asumirán el papel de Félix, un joven reflexivo que, junto con sus conciudadanos, se enfrenta a la amenaza inminente de caer bajo el control del líder autoritario de la ciudad de una vez por todas.