Este juego contiene elementos de la serie Mega Man X y la serie Mega Man Zero. El juego introduce un nuevo entorno de juego abierto y la capacidad de seleccionar el género del protagonista, por primera vez en la serie. El personaje del jugador, Vent o Aile, está en un mapa de superposición bidimensional con sprites donde se enfrenta a los enemigos para terminar la misión. Cuando Vent y Aile reciben un Biometal, el