La secuela de Zone of the Enders se basa en el combate mecánico con el jugador una vez más controlando el "Orbital Frame" Jehuty. A diferencia de su precuela, el juego ahora se centra en elementos de acción, ya que el jugador no necesita proteger a los civiles necesitados y, en cambio, Jehuty contiene más armamento que en el juego anterior. La trama se desarrolla dos años después de los eventos de Zone of the Enders y se centra en