Un híbrido de metroidvania/shooter en primera persona en 3D impulsado por la exploración y secuela de Metroid Prime (2002) en el que Samus aterriza en Aether, un intrincado planeta desgarrado en versiones claras y oscuras de sí mismo, para ayudar a sus habitantes restantes a defenderse de los invasores de su encarnación oscura atravesando los mundos claros y oscuros, adquiriendo nuevos poderes y desafiando entornos opresivos.