700 años antes de los eventos de Ys I y II, la tierra de Ys estaba al borde de la destrucción. Los demonios llegaron en masa y obligaron a las diosas gemelas que gobernaban la tierra a alejar a sus súbditos de la superficie, al abrazo seguro de las nubes. Sin embargo, los demonios eran persistentes, erigiendo una enorme torre en su persecución. La batalla que se libraba en el suelo había comenzado a ascender para una segunda ronda