Shadow over Mystara es un beat-'em-up de desplazamiento lateral con elementos de juego de rol que lo hacen destacar de otros juegos similares lanzados en ese momento. Además de los cuatro héroes originales encontrados en su predecesor, Dungeons & Dragons: Tower of Doom (Clérigo, Enano, Elfo y Luchador), Shadow of Mystara añade un Ladrón y un Usuario Mágico a la selección. Además, con la inclusión de dos versi separados